1============================================================================== 2=== Jmol === 3============================================================================== 4 5 6Jmol es un visor de mol�culas y un editor; es de c�digo abierto y est� 7escrito en Java. 8 9Toda la informaci�n est� disponible en http://www.jmol.org/ 10 11Las preguntas o comentarios relativos a su uso deben enviarse a 12jmol-users@lists.sourceforge.net (en ingl�s) 13 14Las preguntas, comentarios y sugerencias relativos a su desarrollo deben 15enviarse a jmol-developers@lists.sf.net (en ingl�s) 16 17 18Lista de archivos incluidos: 19-------------------- 20 21- LEAME.txt 22 Este archivo. 23 24- README.txt 25 La versi�n en ingl�s de este archivo. 26 27- COPYRIGHT.txt 28 Informaci�n sobre los derechos de copia. 29 30- LICENSE.txt 31 Los t�rminos de uso y distribuci�n de Jmol (licencia GNU LGPL). 32 33- Jmol.jar 34 El archivo ejecutable de la aplicaci�n Jmol (un programa escrito en 35 Java). Funciona como cualquier otro programa: se abre en su 36 propia ventana, se puede redimensionar o minimizar, se puede arrastrar 37 y soltar archivos sobre �l, tiene una barra superior de men�, puede 38 abrir y grabar archivos, etc. Puede ejecutarse desde la l�nea de comandos 39 (particularmente, usando los archivos por lotes que se describen a 40 continuaci�n) pero, si Java est� correctamente configurado en tu 41 sistema, normalmente basta con hacer doble clic en este archivo. 42 43- jmol 44 (Un tipo de archivo por lotes para iniciar la aplicaci�n Jmol) 45 46- jmol.bat 47 Archivo por lotes para iniciar la aplicaci�n en Windows. 48 49- jmol.mac 50 (Un tipo de archivo por lotes para iniciar la aplicaci�n Jmol) 51 52- jmol.sh 53 Un archivo de instrucciones para iniciar la aplicaci�n Jmol en 54 sistemas de tipo Unix, por ejemplo Linux, BSD, Solaris o 55 Cygwin para Windows. 56 57- JmolApplet.jar 58 La miniaplicaci�n ("applet"), es decir, una versi�n del programa 59 que s�lo funciona cuando est� incrustada en una p�gina web. 60 Se trata en este caso de un archivo "todo en uno" o "monol�tico" 61 que se mantiene principalmente por compatibilidad con p�ginas 62 antiguas que lo invoquen expl�citamente. El m�todo recomendado 63 actualmente es el uso de la versi�n subdividida (JmolApplet0.jar etc., 64 descrita m�s abajo). En particular, Jmol.js utiliza la versi�n subdividida. 65 Te puede interesar utilizar este archivo si quieres mantener 66 sencillo tu sitio web, o si s�lo quieres actualizar un archivo jar 67 cuando lleguen versiones nuevas de Jmol. Sin embargo, este Jmol se 68 cargar� algo m�s lentamente que las versiones subdivididas, puesto 69 que es preciso que se descargue al equipo del usuario el programa 70 completo, con todos sus componentes, antes de que se pueda mostrar 71 una estructura. 72 Para llamar a JmolApplet.jar desde Jmol.js: 73 a) ponlo en la misma carpeta que contiene la p�gina HTML que lo 74 requiere y no uses jmolInitialize() 75 o bien 76 b) identif�calo expl�citamente en jmolInitialize(), por ejemplo: 77 jmolInitialize("carpeta-que-contiene-los-archivos-jar", "JmolApplet.jar") 78 79- JmolAppletSigned.jar 80 Una versi�n equivalente de la miniaplicaci�n, pero en este caso 81 es una miniaplicaci�n "firmada" o "confiable" (terminolog�a de seguridad 82 en el lenguaje Java). Esto significa que para ejecutarse debe previamente 83 ser autorizada por el usuario visitante de la p�gina web y, de ser as�, 84 habr� menos restricciones de seguridad para el acceso a archivos. Por 85 ejemplo, podr� acceder a archivos en cualquier parte del ordenador del 86 usuario y en cualquier otro servidor web. 87 Habitualmente, los usuarios recibir�n un aviso prgunt�ndoles si quieren 88 "aceptar el certificado" o si "conf�an" en la miniaplicaci�n; sin embargo, 89 esta prestaci�n de seguridad no siempre est� activada. Si decides usar 90 JmolAppletSigned.jar, debes tener esto en cuenta. 91 Aparte de la lectura de archivos, Jmol no utiliza ninguna otra capacidad 92 de las miniaplicaciones firmadas, como acceder al portapapeles del sistema 93 o grabar archivos. Usa la miniaplicaci�n firmada s�lo si sabes lo que est�s 94 haciendo y has tenido en cuenta las cuestiones de seguridad. 95 Para llamar a JmolAppletSigned.jar desde Jmol.js: 96 jmolInitialize("carpeta-que-contiene-los-archivos-jar", "JmolAppletSigned.jar") 97 98- Jmol.js 99 Esta es la bilioteca de funciones, escrita en el lenguaje JavaScript, 100 que ayuda en la preparaci�n de p�ginas web que usen la miniaplicaci�n 101 Jmol sin necesidad de conocer y escribir c�digo detallado espec�fico 102 para la miniaplicaci�n. 103 Esta biblioteca usa por defecto la versi�n subdividida de la 104 miniaplicaci�n (firmada o no). 105 Est� documentada en detalle en http://jmol.org/jslibrary/ 106 107- JmolApplet0.jar y 108 JmolApplet0(diversosSufijos).jar 109 La miniaplicaci�n se divide en varios trozos de acuerdo con su 110 funcionalidad, de modo que si una p�gina no precisa determinado 111 componente, �ste no se descargar� desde el servidor. Aun as�, se 112 recomienda que pongas todos los archivos JmolApplet0*.jar en el 113 servidor, incluso si tus p�ginas no usan sus prestaciones, pues 114 tanto el men� emergente como la consola permiten a los usuarios 115 acceder a funciones de Jmol que t� no hayas previsto. 116 El conjunto de todos estos archivos es equivalente al archivo 117 �nico JmolApplet.jar. 118 Esta versi�n subdividida es la que se usa de forma predeterminada 119 si utilizas Jmol.js. Para ello, basta usar la forma m�s simple de 120 jmolInitialize(), indicando s�lo la carpeta que contiene el conjunto 121 de archivos jar: 122 jmolInitialize("carpeta-que-contiene-los-archivos-jar") 123 por ejemplo, 124 jmolInitialize(".") 125 (si los archivos jar est�n en la misma carpeta que la p�gina web) 126 jmolInitialize("../jmol") 127 (si los archivos jar est�n en una carpeta paralela, llamada 'jmol') 128 129- JmolAppletSigned0.jar y 130 JmolAppletSigned0(diversosSufijos).jar 131 La versi�n firmada de la miniaplicaci�n subdividida. Esta versi�n 132 permite que el usuario acceda a archivos en cualquier parte de su 133 ordenador y en cualquier servidor web. 134 Habitualmente, los usuarios recibir�n un aviso pidi�ndoles que acepten 135 el certificado para **cada uno** de los archivos jar que se pueden cargar 136 (actualmente, 16). Por esta raz�n, es probable que esta versi�n no 137 sea de uso habitual. 138 El conjunto de todos estos archivos es equivalente al archivo 139 �nico JmolAppletSigned.jar. 140 Para llamar a esta versi�n desde Jmol.js: 141 a) jmolInitialize("carpeta-que-contiene-los-archivos-jar", true) 142 o bien 143 b) jmolInitialize("carpeta-que-contiene-los-archivos-jar", "JmolAppletSigned0.jar") 144 145--------------------------- 146Teniendo en cuenta las descripciones anteriores, observar�s que el paquete 147de distribuci�n de Jmol contiene 4 copias completas de la miniaplicaci�n 148(firmada or no, subdividida o no). 149--------------------------- 150