============================================================================== === Jmol === ============================================================================== Jmol es un visor de moléculas y un editor; es de código abierto y está escrito en Java. Toda la información está disponible en http://www.jmol.org/ Las preguntas o comentarios relativos a su uso deben enviarse a jmol-users@lists.sourceforge.net (en inglés) Las preguntas, comentarios y sugerencias relativos a su desarrollo deben enviarse a jmol-developers@lists.sf.net (en inglés) Lista de archivos incluidos: -------------------- - LEAME.txt Este archivo. - README.txt La versión en inglés de este archivo. - COPYRIGHT.txt Información sobre los derechos de copia. - LICENSE.txt Los términos de uso y distribución de Jmol (licencia GNU LGPL). - Jmol.jar El archivo ejecutable de la aplicación Jmol (un programa escrito en Java). Funciona como cualquier otro programa: se abre en su propia ventana, se puede redimensionar o minimizar, se puede arrastrar y soltar archivos sobre él, tiene una barra superior de menú, puede abrir y grabar archivos, etc. Puede ejecutarse desde la línea de comandos (particularmente, usando los archivos por lotes que se describen a continuación) pero, si Java está correctamente configurado en tu sistema, normalmente basta con hacer doble clic en este archivo. - jmol (Un tipo de archivo por lotes para iniciar la aplicación Jmol) - jmol.bat Archivo por lotes para iniciar la aplicación en Windows. - jmol.mac (Un tipo de archivo por lotes para iniciar la aplicación Jmol) - jmol.sh Un archivo de instrucciones para iniciar la aplicación Jmol en sistemas de tipo Unix, por ejemplo Linux, BSD, Solaris o Cygwin para Windows. - JmolApplet.jar La miniaplicación ("applet"), es decir, una versión del programa que sólo funciona cuando está incrustada en una página web. Se trata en este caso de un archivo "todo en uno" o "monolítico" que se mantiene principalmente por compatibilidad con páginas antiguas que lo invoquen explícitamente. El método recomendado actualmente es el uso de la versión subdividida (JmolApplet0.jar etc., descrita más abajo). En particular, Jmol.js utiliza la versión subdividida. Te puede interesar utilizar este archivo si quieres mantener sencillo tu sitio web, o si sólo quieres actualizar un archivo jar cuando lleguen versiones nuevas de Jmol. Sin embargo, este Jmol se cargará algo más lentamente que las versiones subdivididas, puesto que es preciso que se descargue al equipo del usuario el programa completo, con todos sus componentes, antes de que se pueda mostrar una estructura. Para llamar a JmolApplet.jar desde Jmol.js: a) ponlo en la misma carpeta que contiene la página HTML que lo requiere y no uses jmolInitialize() o bien b) identifícalo explícitamente en jmolInitialize(), por ejemplo: jmolInitialize("carpeta-que-contiene-los-archivos-jar", "JmolApplet.jar") - JmolAppletSigned.jar Una versión equivalente de la miniaplicación, pero en este caso es una miniaplicación "firmada" o "confiable" (terminología de seguridad en el lenguaje Java). Esto significa que para ejecutarse debe previamente ser autorizada por el usuario visitante de la página web y, de ser así, habrá menos restricciones de seguridad para el acceso a archivos. Por ejemplo, podrá acceder a archivos en cualquier parte del ordenador del usuario y en cualquier otro servidor web. Habitualmente, los usuarios recibirán un aviso prguntándoles si quieren "aceptar el certificado" o si "confían" en la miniaplicación; sin embargo, esta prestación de seguridad no siempre está activada. Si decides usar JmolAppletSigned.jar, debes tener esto en cuenta. Aparte de la lectura de archivos, Jmol no utiliza ninguna otra capacidad de las miniaplicaciones firmadas, como acceder al portapapeles del sistema o grabar archivos. Usa la miniaplicación firmada sólo si sabes lo que estás haciendo y has tenido en cuenta las cuestiones de seguridad. Para llamar a JmolAppletSigned.jar desde Jmol.js: jmolInitialize("carpeta-que-contiene-los-archivos-jar", "JmolAppletSigned.jar") - Jmol.js Esta es la bilioteca de funciones, escrita en el lenguaje JavaScript, que ayuda en la preparación de páginas web que usen la miniaplicación Jmol sin necesidad de conocer y escribir código detallado específico para la miniaplicación. Esta biblioteca usa por defecto la versión subdividida de la miniaplicación (firmada o no). Está documentada en detalle en http://jmol.org/jslibrary/ - JmolApplet0.jar y JmolApplet0(diversosSufijos).jar La miniaplicación se divide en varios trozos de acuerdo con su funcionalidad, de modo que si una página no precisa determinado componente, éste no se descargará desde el servidor. Aun así, se recomienda que pongas todos los archivos JmolApplet0*.jar en el servidor, incluso si tus páginas no usan sus prestaciones, pues tanto el menú emergente como la consola permiten a los usuarios acceder a funciones de Jmol que tú no hayas previsto. El conjunto de todos estos archivos es equivalente al archivo único JmolApplet.jar. Esta versión subdividida es la que se usa de forma predeterminada si utilizas Jmol.js. Para ello, basta usar la forma más simple de jmolInitialize(), indicando sólo la carpeta que contiene el conjunto de archivos jar: jmolInitialize("carpeta-que-contiene-los-archivos-jar") por ejemplo, jmolInitialize(".") (si los archivos jar están en la misma carpeta que la página web) jmolInitialize("../jmol") (si los archivos jar están en una carpeta paralela, llamada 'jmol') - JmolAppletSigned0.jar y JmolAppletSigned0(diversosSufijos).jar La versión firmada de la miniaplicación subdividida. Esta versión permite que el usuario acceda a archivos en cualquier parte de su ordenador y en cualquier servidor web. Habitualmente, los usuarios recibirán un aviso pidiéndoles que acepten el certificado para **cada uno** de los archivos jar que se pueden cargar (actualmente, 16). Por esta razón, es probable que esta versión no sea de uso habitual. El conjunto de todos estos archivos es equivalente al archivo único JmolAppletSigned.jar. Para llamar a esta versión desde Jmol.js: a) jmolInitialize("carpeta-que-contiene-los-archivos-jar", true) o bien b) jmolInitialize("carpeta-que-contiene-los-archivos-jar", "JmolAppletSigned0.jar") --------------------------- Teniendo en cuenta las descripciones anteriores, observarás que el paquete de distribución de Jmol contiene 4 copias completas de la miniaplicación (firmada or no, subdividida o no). ---------------------------